​Carriera politica 

Civati ha iniziato a fare politica nei Giovani progressisti e ha partecipato ai comitati per Romano Prodi nel 1995. Eletto al Consiglio comunale di Monza nel 1997, l'anno successivo è diventato segretario cittadino dei Democratici di Sinistra. Dal 2002 al 2004 è stato membro della segreteria provinciale dei DS di Milano e dal 2005 al 2006 membro della segreteria regionale dei DS della Lombardia. Nel 2004 ha promosso la prima edizione del Festival delle città possibili, dedicato alle buone pratiche amministrative. Dal 2004 tiene un popolare blog, in cui affronta prevalentemente tematiche politiche. Nell'aprile 2005 è stato eletto consigliere regionale in Lombardia per la lista Uniti nell'Ulivo nella circoscrizione di Monza, ricevendo 19.347 preferenze.
Civati fa parte del Partito Democratico dalla fondazione nel 2007. Dopo le dimissioni di Walter Veltroni dalla segreteria del PD del 17 febbraio 2009, è risultato a sorpresa il secondo più votato in un sondaggio online del settimanale L'Espresso per la scelta del nuovo leader del partito. Considerato uno degli esponenti di punta tra i cosiddetti "trentenni" che potrebbero guidare il ricambio generazionale del Partito Democratico dal 2009 fa parte della direzione nazionale del PD ed è presidente del Forum per i nuovi linguaggi e le nuove culture del PD.
Nel 2009 Civati è stato coordinatore nazionale della campagna elettorale di Ignazio Marino in vista del primo congresso e delle primarie del Partito Democratico. Alle elezioni regionali del 28-29 marzo 2010 è stato rieletto consigliere della regione Lombardia nella circoscrizione di Monza con 10.321 preferenze[9]. Nell'aprile del 2010, a causa del diffuso malcontento tra gli elettori democratici per l'esito delle elezioni regionali, ha fondato assieme a Carlo Monguzzi il movimento politico interno al Partito Democratico chiamato "Andiamo Oltre", che si definiva come "un contratto a progetto, della durata di tre mesi, che vede coinvolte tutte le persone che hanno a cuore il futuro del Paese e del PD". L'iniziativa si proponeva di "non prendere in considerazione le vicende interne del partito, ma a prendere in considerazione esclusivamente i progetti e le proposte da fare al Paese". Dal 23 al 25 luglio 2010 il movimento si è ritrovato, in campeggio, ad Albinea e ha deciso di proseguire il lavoro effettuato fino ad allora.
Assieme al sindaco di Firenze Matteo Renzi, al Presidente dell'Assemblea Legislativa dell'Emilia Romagna Matteo Richetti ed al deputato regionale siciliano Davide Faraone, Civati ha promosso il congresso/raduno "Prossima fermata: Italia", svoltosi tra il 5 e il 7 novembre 2010 presso la Stazione Leopolda di Firenze, definito dalla stampa il "raduno dei rottamatori". Successivamente ha preso le distanze dalla linea politica di Renzi. Il 22 e 23 ottobre 2011, insieme a Debora Serracchiani, ha organizzato a Bologna l'iniziativa "Il nostro tempo". Nel marzo del 2012 il suo movimento "Prossima Italia" annunciato l'intenzione di esprimere una candidatura e una mozione a essa collegata al II Congresso del Partito Democratico previsto per la seconda metà del 2013. Il 13 novembre 2012 Civati ha pubblicamente dichiarato la sua intenzione di candidarsi a segretario del Partito Democratico.
Nel dicembre 2012 si è candidato alle primarie per la scelta dei candidati parlamentari del PD in vista delle elezioni del 2013, risultando il più votato nella provincia di Monza e Brianza[12] ed è pertanto stato candidato alla Camera dei Deputati nella circoscrizione Lombardia I. Alle elezioni politiche del 24 e 25 febbraio 2013 Civati è stato eletto deputato.