Deputato DC (1992-1994) 

Viene eletto deputato alla Camera dal 1992 e confermato nelle successive legislature.
Dopo la diaspora democristiana, nella Seconda Repubblica aderisce al Centro Cristiano Democratico (CCD) guidato da Pier Ferdinando Casini e membro della coalizione del centrodestra. Sulla vicenda di Mani Pulite, nel 1997 ha scritto il libro Storie di straordinaria ingiustizia.

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Deputato CCD (1994-2001) 
Eletto nuovamente deputato nella XII e XIII Legislatura, aderisce al Centro Cristiano Democratico (CCD) guidato da Pier Ferdinando Casini, a sostegno del governo Berlusconi I.
Dal 1996 è presidente del gruppo parlamentare del CCD, all'opposizione, e vicepresidente della Camera dei deputati.

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Deputato UDC (2001-08) 
Alle elezioni politiche del 2001 viene eletto deputato nel collegio uninominale di Lecco per la coalizione della Casa delle Libertà e confluisce, insieme a tutto il partito, nell'Unione dei Democratici Cristiani e di Centro (UDC). In questa fase ricopre l'incarico di Ministro per i Rapporti con il Parlamento, nei governi Berlusconi II e III tra 2001 e 2006.
Nel 2004 stende un ddl, finalizzato ad imporre una chiusura anticipata dei locali notturni, che viene bocciato però dal Parlamento. 
Nel dicembre 2005, durante un'intervista a Radio24, Giovanardi afferma di non essere dipendente di nessuno se non dei suoi elettori. Beppe Grillo ne ha chiesto le dimissioni in quanto, secondo l'articolo 67 della Costituzione Italiana, "ogni membro del Parlamento rappresenta la Nazione", non soltanto la parte dei propri elettori.
Alle elezioni politiche del 2006 viene rieletto deputato per l'UDC, nella circoscrizione Veneto-2, divenendo presidente della Giunta per le autorizzazioni e presidente del Comitato parlamentare per i procedimenti di accusa. Ha presentato una proposta di legge sull'indulto.
Per approfondire, vedi Legge Fini-Giovanardi.
Nel febbraio 2006 riesce ad inserire la nuova legge sulle droghe (cosiddetta Legge Fini-Giovanardi) all'interno del pacchetto sicurezza per le olimpiadi invernali di Torino 2006. Con tale legge le droghe leggere, come la cannabis, vengono equiparate a droghe pesanti quali eroina o cocaina; vengono inoltre introdotte sanzioni penali anche per i consumatori, sanzioni che erano state cancellate dal referendum popolare del 18-19 aprile 1993 in cui si sancì la non punibilità dei consumatori.
Nell'aprile 2007 è il protagonista della mozione che sfida la maggioranza di Pier Ferdinando Casini e Cesa nel III Congresso dell'UDC. Giovanardi, a dispetto della linea seguita dal partito di dichiararsi autonomo dalla Casa delle Libertà e di intraprendere iniziative indipendenti nell'opposizione al centrosinistra, chiede una riapertura al dialogo con la CdL (e in primo luogo con Forza Italia e Alleanza Nazionale), in nome del comune essere alternativi alla sinistra, e di avviare un percorso di collaborazione con tutti i soggetti che aderiscono al Partito Popolare Europeo e si richiamano all'area politica di centro. La candidatura di Giovanardi alla segreteria del partito ottiene il 14% dei consensi.
A novembre 2007, in seguito all'annuncio della nascita del Popolo della Libertà lanciato da Berlusconi, Giovanardi afferma di mostrare interesse verso il nuovo progetto e l'area da lui sostenuta vota, nel consiglio nazionale dell'UDC, per l'adesione al nuovo partito. La posizione si rivela minoritaria e il 4 febbraio 2008 Giovanardi decide di lasciare l'UDC fondando il movimento dei Popolari Liberali[6] per aderire al PDL perché, dice, «con la nostra storia vogliamo essere una componente della costola del PPE che nascerà in Italia».

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Senatore PdL (2008-) 
Alle elezioni politiche italiane del 2008 è eletto senatore nelle liste del PDL in Emilia-Romagna, nelle quali è nuovamente eletto alle elezioni del 2013.
Dal 7 maggio 2008 al 16 novembre 2011 è Sottosegretario alla Presidenza del Consiglio con delega alle politiche per la famiglia, al contrasto delle tossicodipendenze e al servizio civile.

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Per la limitazione della libertà di espressione degli antiproibizionisti 
A maggio 2008, in un'intervista al sito dei Circoli della Libertà, Giovanardi afferma l'intenzione di introdurre una legge che proibisca tout court qualsiasi manifestazione antiproibizionista: "Vogliamo dire basta alla cultura della droga. E per farlo vogliamo introdurre nell'ordinamento una norma che impedisca di fare propaganda, anche indiretta, a tutte le droghe, comprese quelle cosiddette leggere [...] Oltre a insistere su prevenzione e formazione, e ad avere invitato prefetti e questori a vigilare e attivarsi con determinazione per contrastare queste irresponsabili iniziative, ci impegneremo a trovare gli strumenti normativi più idonei per non permettere più che manifestazioni propagandistiche come la tre giorni sulla canapa a Bologna possano svolgersi liberamente."